После великолепной Captain Tsubasa 5, от этой игры ожидали многого. Но ожиданиям этим, видимо, не суждено было сбыться... В этот раз игру почему-то разрабатывала не Tecmo, а Bandai, которая, по мнению фанов, пытаясь ввести в сериал инновации, разрушила уникальный геймплей и развеяла неповторимый дух предшествующих игр, и вообще, загубила весь сериал. Captain Tsubasa J получила довольно низкие оценки и так и не была принята фанатами. 
Новая игра претерпела множество изменений, по сравнению с предыдущими частями сериала. 
Перво-наперво в глаза бросается то, что футбольное поле теперь выполнено в неком подобии 3D. 
По мнению многих, именно этот сомнительный эксперимент Bandai и послужил причиной провала Captain Tsubasa J. Из-за «трехмерности» игровой процесс превращался в сумбур: на поле было очень сложно сориентироваться, понять, что же вообще происходит в данный момент и у кого сейчас мяч. Управлять же в этот раз можно было лишь одним персонажем (капитаном Цубасой), за которым постоянно следила игровая камера, что лишь еще больше усугубляло ситуацию... 
В ходе игры больше нельзя было останавливать время с помощью вызова меню, как в предыдущих играх. Появились своеобразные дуэли между игроками - когда два игрока сталкивались, включалась небольшая заставка, в которой надо было как можно быстрее молотить по кнопкам, пытаясь «перенажимать» соперника (привет Dragon Ball Z от той же Bandai). Тоже самое случалось, когда вратари отбивались от ударов по воротам. В целом, этот Button mashing оказался довольно скучным и надоедающим занятием. 
Графика Captain Tsubasa J также не совершила революцию, и продолжительность игры была крайне низка (может оно и к лучшему)...